07月19 公共數(shù)據(jù)整合分析場(chǎng)景篇-大豆公共數(shù)據(jù)應(yīng)用案例
大豆研究套餐： 整個(gè)多個(gè)大豆RNA-seq公共數(shù)據(jù)，分析SWEET基因家族在大豆生殖組織與營(yíng)養(yǎng)組織間表達(dá)變化規(guī)律
文章思路
Patil G. ?et al. Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis. BMC Genomics. 2015
1. 大豆中SWEET基因鑒定
SWEET基因家族在植物體內(nèi)的糖運(yùn)輸、免疫及生殖組織發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮著非常重要的作用。研究者使用擬南芥、水稻中的SWEET家族基因序列，通過(guò)BLAST比對(duì)，鑒定到了大豆中的52個(gè)SWEET基因。 該步驟可非常方便的調(diào)用部署于百邁客云平臺(tái)上的BLAST小工具來(lái)完成。
2. 大豆中SWEET基因與其它物種的序列比較分析
為了了解不同物種中SWEET家族基因的進(jìn)化關(guān)系，研究者對(duì)大豆中的SWEET家族基因與其他13個(gè)物種（包括水稻、擬南芥、玉米在內(nèi)）中的SWEET基因構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。 該步驟可調(diào)用部署于百邁客云的MEGA小工具來(lái)完成。
3. 大豆中SWEET基因上游調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子分析
研究者提取了52個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的啟動(dòng)子序列，預(yù)測(cè)了這些啟動(dòng)子序列中存在的motif序列，并在轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到了可與上述motif序列結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子，這些數(shù)據(jù)為之后研究SWEET基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。 該步驟中的motif序列提取可調(diào)用部署于百邁客云的motif_prediction小工具來(lái)完成。
百邁客云motif_prediction小工具運(yùn)行結(jié)果
4. 大豆中SWEET基因不同組織中表達(dá)量變化規(guī)律分析
1）下載大豆RNA-seq公共數(shù)據(jù)集： 數(shù)據(jù)集1 SRA數(shù)據(jù)庫(kù)編號(hào)：PRJNA140081. 包含14個(gè)樣本，其中11個(gè)樣本為生殖組織來(lái) 源（花、豆莢、種子），3個(gè)為營(yíng)養(yǎng)組織來(lái)源（葉、根、根瘤） 數(shù)據(jù)集2 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)編號(hào): GSE29163. 包含10個(gè)樣本，其中6個(gè)樣本為生殖組織來(lái)源（花、花芽、種子），4個(gè)樣本為營(yíng)養(yǎng)組織來(lái)源（根、莖、葉、幼苗） 該步驟可進(jìn)入BMKCloud_數(shù)據(jù)庫(kù)模塊按數(shù)據(jù)編號(hào)完成數(shù)據(jù)檢索及一鍵保存，保存后的數(shù)據(jù)可直接調(diào)用百邁云平臺(tái)的分析模塊BMKCloud_APP進(jìn)行后續(xù)分析。
2）對(duì)大豆所有基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄了水平定量，并從中篩選SWEET基因家族，分析該家族基因在大豆的生殖組織與營(yíng)養(yǎng)組織見(jiàn)的表達(dá)量變化規(guī)律。 該步驟可直接將上步保存于百邁客云的公共數(shù)據(jù)導(dǎo)入BMKCloud_APP模塊中的 “有參轉(zhuǎn)錄組分析平臺(tái)”進(jìn)行分析，運(yùn)行后便可得到文章所需的結(jié)果。
分析結(jié)果：
1）GmSWEET21、GmSWEET24在所有樣本中均高表達(dá)
2）有23個(gè)SWEET基因在所有樣本轉(zhuǎn)錄水平非常低或者未檢測(cè)到，這些基因或許為假基因，或者需要再特殊組織特殊時(shí)期表達(dá)
3）其余的SWEET基因均在花或者種子等生殖相關(guān)組織中高表達(dá)，說(shuō)明SWEET基因在生殖相關(guān)組織發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮重要作用，與之前的相關(guān)的研究結(jié)論一致。
