08月27 代謝組主流程任務(wù)投遞說明

一、登錄百邁客云平臺

下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.

二、選擇合適的分析平臺

百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類分析平臺，醫(yī)學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。

 

三、創(chuàng)建項目名稱

為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內(nèi)容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。

 

 

四、選擇輸入文件

代謝定量文件：針對鑒定到的代謝物進行定量的結(jié)果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為代謝物ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結(jié)果文件會直接推送到客戶賬號下，文件夾名稱為合同編號，可直接導(dǎo)入使用）

 

五、綜合選項

1. 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
2. Kegg注釋物種分類：點擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類別
3. 報告名稱：可以自定義方便區(qū)分的報告名稱，可以使用默認名稱
4. 物種名稱：支持自定義物種名稱，與后期生成的任務(wù)名稱相關(guān)聯(lián)
5. 標準化方式：否表示不使用歸一化，總峰面積歸一化表示每個樣本中的每個代謝物除以該樣本總的峰面積，內(nèi)標則是每個代謝物除以內(nèi)標代謝物的峰面積且默認內(nèi)標的代謝物定性名稱為IS，內(nèi)標不參與后續(xù)的分析。（LC推薦使用總峰面積，GC推薦使用內(nèi)標）

六、差異分組設(shè)置

根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。

1. 推薦閾值選擇：（1）差異倍數(shù)閾值1、T檢驗p值0.05、VIP值1 （2）差異倍數(shù)閾值2、T檢驗p值1、VIP值1

（其中vip值采用了正交偏最小二乘法判別分析（OPLS-DA），該分析會給每個代謝物一個變量投影重要度VIP值，值越大說明代謝物的差異越顯著）

2. 分組設(shè)置：有幾組生物學(xué)重復(fù)就在左側(cè)的分組池中添加相應(yīng)數(shù)量的分組，再從右側(cè)的樣品池中選樣本加入相應(yīng)的分組中，1個樣本只能屬于一個分組且一個分組的樣本數(shù)目不少于2個。（這里需要修改分組名稱，分析完成后不可修改）
3. 差異分組設(shè)置：根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）

 

七、生成標準分析報告

參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。

報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務(wù)時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。

點擊報告右上角的項目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉(zhuǎn)換而來，方便您進行報告打?。唤Y(jié)果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。