01月08 這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站……(上)

今天小編帶大家看一看百邁客云物種數(shù)據(jù)庫(kù)的核心功能模塊。

百邁客云物種數(shù)據(jù)庫(kù)采用模塊化設(shè)計(jì)，標(biāo)準(zhǔn)功能模塊主要有三大類

 

1.存儲(chǔ)&查詢模塊

? ? ? ? 存儲(chǔ)&查詢模塊設(shè)置了種質(zhì)資源、突變體信息、性狀座位信息、分子標(biāo)記、基因功能信息、基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和查詢模塊

01物種種質(zhì)資源存儲(chǔ)&查詢模塊

種質(zhì)資源是一種遺傳資源。種質(zhì)系指農(nóng)作物親代傳遞給子代的遺傳物質(zhì)，它往往存在于特定品種之中。如古老的地方品種、新培育的推廣品種、重要的遺傳材料以及野生近緣植物，都屬于種質(zhì)資源的范圍。用戶可在該模塊中按照物種的名稱、編號(hào)、父母本、省份、地理位置、表型查詢相關(guān)材料品種概況。

 

02物種突變體信息存儲(chǔ)&查詢模塊

用戶在該模塊通過(guò)突變體名稱或表型檢索相關(guān)突變體，搜索結(jié)果可展示出突變體名稱、編號(hào)、突變基因信息等。其中，點(diǎn)擊突變基因可鏈接至“基因查詢模塊”查詢基因功能、序列、基因組位置等詳細(xì)信息。

 

03物種性狀座位信息存儲(chǔ)&查詢模塊

在該模塊用戶通過(guò)輸入表型數(shù)據(jù)查詢?cè)撔誀羁刂谱辉诨蚪M上的定位結(jié)果，該結(jié)果整合自不同研究不同定位方法定位結(jié)果，并可視化展示相應(yīng)性狀座位對(duì)于于最新版本基因組上的位置及相關(guān)基因。其中，相關(guān)基因也可鏈接至“基因查詢模塊”查詢基因功能、序列、基因組位置等詳細(xì)信息。

 

04分子標(biāo)記存儲(chǔ)&查詢模塊

用戶可按照精確編號(hào)、模糊編號(hào)（正則匹配）、或連鎖性狀搜索分子標(biāo)記，搜索結(jié)果含有標(biāo)記序列信息、標(biāo)記擴(kuò)增引物序列、標(biāo)記上下游基因（可鏈接至“基因查詢模塊”）、標(biāo)記相關(guān)性狀等。

 

05基因功能信息存儲(chǔ)&查詢模塊

在該模塊中，用戶可以基因名稱、基因ID、功能關(guān)鍵詞、物種基因組起始位置、轉(zhuǎn)錄本序列、是否定位、是否克隆為條件檢索目標(biāo)基因，檢索結(jié)果包括基因轉(zhuǎn)錄本序列（核苷酸or氨基酸序列）、染色體、起止位置、各功能數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果、相關(guān)文獻(xiàn)、相關(guān)性狀（可鏈接至“物種性狀座位信息存儲(chǔ)&查詢模塊”）。

 

06基因組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)&查詢模塊

1）使用基因組版本號(hào)檢索相關(guān)基因組信息，檢索結(jié)果包括該基因組序列組裝、結(jié)構(gòu)注釋、功能注釋、測(cè)序數(shù)據(jù)等，所有結(jié)果均支持本地下載；

2）可按照物種名檢索相關(guān)泛基因組信息，檢索結(jié)果包括各品種基因組序列組裝、結(jié)構(gòu)注釋、功能注釋、變異位點(diǎn)、測(cè)序數(shù)據(jù)等，所有結(jié)果均支持本地下載；

3）按品種名檢索該品種全基因組重測(cè)序、簡(jiǎn)化基因組重測(cè)序測(cè)序數(shù)據(jù)及變異位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果。

 

07物種轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)&查詢模塊

1）用戶可通過(guò)基因ID與基因name檢索相關(guān)基因下轉(zhuǎn)錄本序列、項(xiàng)目中的轉(zhuǎn)錄水平、差異表達(dá)、共表達(dá)、互作信息等，檢索結(jié)果支持本地下載。

2）按項(xiàng)目名稱檢索相關(guān)轉(zhuǎn)錄組學(xué)項(xiàng)目測(cè)序數(shù)據(jù)及完整分析結(jié)果，檢索結(jié)果支持本地下載。

 

2.分析工具模塊

分析工具均可從網(wǎng)頁(yè)調(diào)用，無(wú)需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)。包含數(shù)據(jù)庫(kù)自帶分析工具，比如 blast、blat、引物設(shè)計(jì)、轉(zhuǎn)錄因子、metaQTL等；當(dāng)然也可調(diào)用部署在百邁客公有云計(jì)算平臺(tái)（cigarsoftampa.com）的分析流程（APP）與生信軟件（Tools。APP包括有參/無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析APP、lncRNA分析APP、microRNA分析APP、circleRNA分析APP、重測(cè)序分析APP、GWAS個(gè)性化分析APP、BSA個(gè)性化分析APP、遺傳圖譜個(gè)性化分析APP、微生多樣性分析APP等；Tools模塊包含100余款各類生信分析軟件，涵蓋比對(duì)、注釋、繪圖、統(tǒng)計(jì)等；

?BMKCloud個(gè)性化分析示例

3.公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊

包含7大模塊：

01高通量測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)

? 該公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊同步NCBI維護(hù)的SRA、GEO兩大高通量測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)，目前該模塊12PBase，1100個(gè)屬的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)類型涵蓋RNA-seq、全基因組重測(cè)序、WES、基因組denovo組裝、甲基化、ChIP-seq等。
? 用戶可按物種名稱、數(shù)據(jù)編號(hào)、研究方向檢索相關(guān)高通量測(cè)序公共數(shù)據(jù)，檢索結(jié)果無(wú)需下載，一鍵導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫(kù)自帶分析工具或百邁客公有云計(jì)算平臺(tái)（cigarsoftampa.com）分析工具即可進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

 

02功能基因數(shù)據(jù)庫(kù)

該公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊整合包括GO、KEGG、miRbase、lncRNAdb、MiRTarBase、UniProt、genbank等在內(nèi)的30多個(gè)基因功能&序列類數(shù)據(jù)庫(kù)，目前收錄了約1700萬(wàn)條基因相關(guān)信息，用戶輸入基因名稱、ID、功能關(guān)鍵詞后，一鍵即可獲取基因的功能、序列、同源基因、表達(dá)、相關(guān)ncRNA、變異、相關(guān)文獻(xiàn)等信息。

 

03功能定位數(shù)據(jù)庫(kù)

該數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了所有公共的性狀相關(guān)數(shù)據(jù)，目前已收錄11個(gè)物種347個(gè)性狀相關(guān)的QTL位點(diǎn)數(shù)據(jù)，如QTL、eQTL、候選基因、關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)等信息，QTL性狀位置可視化展示以及物種間的比較，為各個(gè)物種間定位信息的比較提供重要的數(shù)據(jù)。

 

04文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)

該公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊同步NCBI維護(hù)的PubMed文獻(xiàn)索引數(shù)據(jù)庫(kù)，目前收錄2600萬(wàn)+文獻(xiàn)信息，該模塊支持按照發(fā)表日期、影響因子、文章類型、信息完整度（有無(wú)測(cè)序數(shù)據(jù)、有無(wú)全文等）進(jìn)行精確檢索，檢索結(jié)果包括文獻(xiàn)題目、摘要、全文鏈接、文獻(xiàn)所涉及測(cè)序數(shù)據(jù)等。

 

05其他公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊

? 參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù)：包含有826個(gè)物種的924套參考基因組信息；
? 變異數(shù)據(jù)庫(kù)：整合了dbSNP庫(kù)中的數(shù)據(jù)信息，目前收錄了8億+變異數(shù)據(jù)，支持通過(guò)rs、ss號(hào)進(jìn)行信息的檢索，并且支持篩選特定物種的、特定染色體、特定區(qū)域的變異信息；
? 互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)：整合了PPI、StarBase、LncRNADisease三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的4類互作網(wǎng)絡(luò)信息，目前共收錄了306萬(wàn)互作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，包含了lncRNA、miRNA、mRNA、circRNA四類數(shù)據(jù)。