03月20 百邁客云平臺(tái)——助您輕松搞定GO、 KEGG富集圖繪制
GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具對(duì)給定的基因集結(jié)合注釋信息繪制GO分類(lèi)富集圖、KEGG分類(lèi)富集及通路富集圖。GO分類(lèi)富集圖是通過(guò)對(duì)基因進(jìn)行GO?terms?富集度統(tǒng)計(jì)學(xué)的分析，計(jì)算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關(guān)的GO?term。KEGG分類(lèi)富集圖是可以把顯著的pathway進(jìn)行富集，有助于找到實(shí)驗(yàn)條件下顯著性變化的生物學(xué)調(diào)控通路。
適用數(shù)據(jù)類(lèi)型：轉(zhuǎn)錄組研究數(shù)據(jù)和基因組研究數(shù)據(jù)
軟件：R包（ggplot2）
操作步驟
登錄百邁客云首頁(yè)（cigarsoftampa.com）——分析——工具——繪制GO和KEGG富集圖。
操作方法
1.輸入文件
Anno: 是所有基因功能注釋的結(jié)果總表，一般百邁客的有參、無(wú)參項(xiàng)目中會(huì)有這個(gè)數(shù)據(jù)，通常的命名為All_Database_annotation.xls。
Genes_id: 指需要進(jìn)行分析的基因集文件，txt文本格式，每一行是一個(gè)基因的名字。
GO_top_lines：指定前多少行用于GO富集繪圖，在進(jìn)行GO富集分析的時(shí)候，會(huì)將結(jié)果按P值進(jìn)行排序，然后挑選前n行進(jìn)行繪圖，默認(rèn)為20。
2.注意事項(xiàng)
（1）注釋總表（All_Database_annotation.xls），該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個(gè)工作表，其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個(gè)必須包含，且命名完全一致。
（2）Genes_id和注釋總表的基因ID相對(duì)應(yīng)；
（3）文件名稱(chēng)：包含字母數(shù)字以及下劃線(xiàn)，不能以數(shù)字開(kāi)頭，不能有空格，不能有特殊字符等。
（4）如果是在百邁客云上分析的結(jié)果，只需要在項(xiàng)目結(jié)果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項(xiàng)目，沒(méi)有這個(gè)文件，您需要先將FASTA格式的文件在云平臺(tái)的“基因功能注釋”小工具中得到All_Database_annotation.xls，如下示意圖。
3.結(jié)果說(shuō)明
該結(jié)果包含兩個(gè)文件GO和KEGG
GO包含以下文件:
其中g(shù)o_enrichment.png是GO富集結(jié)果圖，選擇置信度Pvalue最高的20個(gè)繪制通路富集圖；GO.Classification.png是GO分類(lèi)圖。
KEGG包含以下文件：
KEGG.Classification.png是KEGG分類(lèi)圖。
案例展示
百邁客云平臺(tái)的GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制小工具得到了許多老師的認(rèn)可，目前已經(jīng)有一些老師運(yùn)用這款小工具發(fā)表了文章，比如鄭州大學(xué)安秀麗老師課題組對(duì)四倍體與二倍體蕪菁轉(zhuǎn)錄組比較分析的研究中運(yùn)用了GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Frontiers in Plant Science》雜志上。
此外，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對(duì)參與油菜分蘗調(diào)控相關(guān)信號(hào)通路的研究中也運(yùn)用了GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Int J Mol Sci》雜志上。
百邁客云平臺(tái)是由北京百邁客生物科技有限公司開(kāi)發(fā)，集生物信息分析軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)以及云計(jì)算為一體的生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制小工具就介紹到這里了，請(qǐng)關(guān)注百邁客云微信公眾號(hào)，后期會(huì)有更多小工具的介紹和操作指引，如果您在操作過(guò)程中遇到任何問(wèn)題都可以聯(lián)系咱們的云客服，歡迎點(diǎn)擊屏幕右下方客服圖像進(jìn)入咨詢(xún)環(huán)節(jié)。
參考文獻(xiàn)：
1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139.
2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA- and miRNA-Profile Analysis Reveals a Likely Role of BR and Auxin Signaling in Branch Angle Regulation ofB. napus:[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(5):887.